Ein weiterer Stützpfeiler der Osteopathie ist die viszerale Osteopathie. Sie beschäftigt sich mit der Behandlung der inneren Organe des Pferdes und ihren umgebenden faszialen Strukturen.

Durch die hohe Bauchdeckenspannung des Pferdes ist es nicht möglich Organe direkt zu palpieren. Die Einwirkung geschieht daher indirekt beispielsweise über die Wirbelsäule, fasziale Züge oder den Organen zugehörige Projektionsflächen. Es stehen unterschiedliche Behandlungsmethoden zur Verfügung, die allesamt sehr sanft sind. Die viszerale Osteopathie kann bei immer wiederkehrenden Blockaden oder bekannten organischen Problemen eingesetzt werden. Sie ersetzt jedoch keine tierärztliche Behandlung und angepasste Fütterung und Haltung, sondern wirkt ergänzend zu diesen.